Meskipun terdapat kelebihan pada ekopelancongan yang mengatasi kelaziman industri pelancongan keseluruhannya, tetapi ianya tidaklah boleh dilihat atau dianggap sebagai penyelesaian dasar atau mutlak demi mengatasi keseluruhan permasalahan akan degradasi ekosistem semulajadi, kesan budaya masyarakat dan juga sebagai memenuhi segala keperluan konservasi alam semulajadi.
Kawasan alam semulajadi ada pada masanya juga terlalu sukar atau tidak boleh dimasuki, dihampiri atau dilalui. Maka oleh yang sedemikian, kawasan yang bersifat alam semulajadi boleh menjadi minat yang marginal kepada para pelancong.
Ekopelancongan juga tidak terkecuali memberikan kesan terhadap alam sekitar dan budaya.
Syarikat pelancongan dan pemaju pelancongan mungkin melabelkan ekopelancongan untuk strategi pemasaran. Oleh yang demikian, ekopelancongan boleh disalah ertikan, disalah intepretasikan, dan pengeksplotasian untuk mengesahkan pembangunan ekopelancongan serta memaksimakan bilangan pelancong dan keuntungan.
